Gene Annotation: Case 3  

    In the sequence complex IP259/Dub80 in D. melanogaster, alternative
    cis-splicing (intra-molecular splicing) creates two mature mRNAs that share
    a noncoding exon as a common translation start site but no overlapping coding
    sequences, and that encode structurally unrelated proteins (the 259aa protein
    and a ubiquitin fusion protein). The entire coding region of the IP259
    transcript is found in the first intron of Dub80. Note: There is a very
    similar case in the nematode C. elegans, where the DNA complex ChAT/VAChT
    (also known as cha-1/unc-17) encodes the structurally unrelated proteins
    choline acetyl-transferase and vesicular acetylcholine transporter protein.
    In both the Drosophila case we focus on here and the similar nematode case,
    the genomic complexes and their products are highly conserved and homologues
    are found in nematodes, insects and mammals (incl. humans). In both cases
    each individual mRNA transcript can produce only one of the two products.

    Image

    Figure: IP259/Dub80. Exons are shown as boxes, introns as line.
    Shaded regions of exons are translated, white regions untranslated.

    a. Would you describe this case as one in which one or more than one gene is
    involved in generating the final transcript/s and/or the polypeptide/s that result
    from the process described?

        Clearly one gene
        Probably only one gene
        Unclear
        Probably more than one gene
        Clearly more than one gene
        Skip Item
      
    b. How appropriate are the following descriptions of this case? (If alphabetic letters
    are used to mark a RNA segment, we are referring to the corresponding DNA sequence.)

        b.1.  One gene: A to C

                appropriate         neutral             inappropriate
                                                       
        b.2.  Two genes: A + B and A + C

                appropriate         neutral             inappropriate
                                                       
        b.3.  Other:  

    c. Are there any other specific names you would use for any of the regions of the
    sequence in this case?

    

    d. If the case description does not provide you with the information you need to reply,
    please indicate what else you would need to know.

    

Glossary