Gene Annotation: Case 2  

    The human INK4A/ARF (ARF = alternate reading frame) tumor suppressor region on

    the short arm of chromosome 9 produces two mRNA transcripts through alternative

    cis-splicing (intra-molecular splicing) that encode two divergent products,

    the proteins p16^INK4a and p19^ARF. Both play important, though very different,

    roles in cell growth, survival and senescence. The two transcripts have different

    first coding exons but share the coding sequences of exon 2 and 3. However, the

    presence of different first exons in the two transcripts causes exons 2 and 3 to

    be read in different reading frames. Hence there is no amino acid identity between

    the resulting proteins.

    

    Figure: INK4A/ARF. Exons are shown as boxes, introns as line. Shaded regions of

    exons are translated, white regions untranslated.

    a. Would you describe this case as one in which one or more than one gene is

    involved in generating the final transcript/s and/or the polypeptide/s that result

    from the process described?

        Probably only one gene

        Unclear

        Probably more than one gene

        Clearly more than one gene

        Skip Item

      

    b. How appropriate are the following descriptions of this case? (If alphabetic letters

    are used to mark a RNA segment, we are referring to the corresponding DNA sequence.)

        b.1.  One gene: A to F

                                                       

        b.2.  Two genes: A to F and B to F

                                                       

        b.3.  Other:  

    c. Are there any other specific names you would use for any of the regions of the

    sequence in this case?

    

    d. If the case description does not provide you with the information you need to reply,

    please indicate what else you would need to know.

    

  Glossary