Gene Annotation: Case 1  

    At the Edr region in mouse and human two different polypeptides are synthesized
    from overlapping parts of a continuous DNA sequence due to translational recoding
    as a result of programmed -1 ribosomal slippage (ribosomal frameshift). In this
    case, one section of the unique mRNA transcript from this region (pictured below)
    corresponds to the amino acid sequence of one polypeptide, whilst an overlapping
    sequence corresponds, in a different reading frame, to the amino acid sequence of
    a second polypeptide. This is, of course, a common phenomenon in RNA viruses and
    retrotransposons, but here we see a similar mechanism operating in eukaryote genomes.

    Image

    a. Would you describe this case as one in which one or more than one gene is
    involved in generating the final transcript/s and/or the polypeptide/s that result
    from the process described?

        Clearly one gene
        Probably only one gene
        Unclear
        Probably more than one gene
        Clearly more than one gene
        Skip Item
      
    b. How appropriate are the following descriptions of this case? (If alphabetic letters
    are used to mark a RNA segment, we are referring to the corresponding DNA sequence.)

        b.1.  One gene: A to C

                appropriate         neutral             inappropriate
                                                       
        b.2.  Two genes: A + B and B + C

                appropriate         neutral             inappropriate
                                                       
        b.3.  Other:  

    c. Are there any other specific names you would use for any of the regions of the
    sequence in this case?

    

    d. If the case description does not provide you with the information you need to
    reply, please indicate what else you would need to know.

    

  Glossary